Место расположения храма уникально: Покровская церковь выстроена в низине, на заливном лугу, и стоит на рукотворном холме высотой около 3 м и площадью около 23 соток, на котором располагались и другие монастырские постройки. Ранее около церкви было место впадения Нерли в Клязьму (ныне русла рек изменили положение). Церковь находилась практически на речной «стрелке», оформляя перекрёсток водных торговых путей.
Обычный для древнерусских храмов бутовый ленточный фундамент из пролитых известью необработанных камней, заложенный на глубине 1,6 м, продолжен основанием стен, высотой 3,7 м, которые были засыпаны глинистым грунтом насыпного холма, облицованного белым камнем. Таким образом, фундамент уходил на глубину более 5 м. Подобная технология позволяла противостоять подъёму воды при разливах реки (до 5 м).